（1）微生物不能降解污染环境中的所有污染物。污染物的难生物降解性、不溶性以及污染物土壤腐殖质或泥土结合在一起常使微生物修复难以进行。
（2）一些低渗透性土壤往往不宜采用微生物修复技术。
（3）特定的微生物只降解特定的化合物类型，化合物形态一旦变化就难以被原有的微生物酶系降解。
（4）场地条件和环境因素对微生物修复的效率影响较大，与物理法、化学法相比，这一方法治理污染土壤的时间相对较长。
（5）有些情况下，微生物修复不能将污染物全部去除，因为当污染物浓度太低不足以维持一定数量的降解菌时，残余的污染物就会留在土壤中。
（6）土壤中的持久性有机污染物很难被一般的微生物所降解，在实用规模修复中，引进的高效降解微生物在土壤不灭菌条件下很难同土著菌竞争而保持降解所需要的种群和数量。
（7）低温和低含水率条件下，寒冷与干旱半干旱地区的污染土壤，以及海洋中的石油污染治理是微生物修复尚待研究的一个重要课题。
在土壤治理中问题常常有，常常让我们猝不及防。具体情况中问题，不曾解决，新的问题又暴露出来。在大环保环境下，我们能有更充分的时间和精力研究新问题！新的技术条件会帮助我们把问题解决在萌芽之中！